Kejaksaan Negeri Maluku Barat Daya dibentuk berdasarkan Kepres Nomor 14 Tahun 2017 tanggal 02 Mei 2017 tentang Pembentukan Kejaksaan Negeri Maluku Barat Daya, dimana Kejaksaan Negeri Maluku Barat Daya membawahi satu Cabang Kejaksaan Negeri Maluku Barat Daya di Wonreli.

Kejaksaan Negeri Maluku Barat Daya berkedudukan di Kabupaten Maluku Barat Daya yang merupakan bagian wilayah Provinsi Maluku dengan ibukota Tiakur, Moa Lakor, dan terbentuk berdasarkan UU Nomor : 31 Tahun 2008 yang merupakan daerah pemekaran dari Kabupaten Maluku Tenggara Barat.

Wilayah Kabupaten Maluku Barat Daya yang terdiri dari beberapa pulau mempunyai luas wilayah kurang lebih seluas 8.648 km² sebelah utara berbatasan dengan Kabupaten Maluku dan Laut Banda, sebelah Timur berbatasan dengan Kabupaten Maluku Tenggara Barat, sebelah Selatan berbatasan dengan Laut Timor dan Selat Wetar, dan sebelah Barat Berbatasan dengan Kabupaten Alor.